戚家军在收复平海卫等地中战功最大。谭纶在上报战绩时,称赞戚继光“用兵如神”,敌“畏之如虎”,是古今罕有的名将。
倭寇占据平海卫时,曾将抢掠到的大量金银财物运回本国,引来大批倭寇窜来福建。平海卫战后不久,福建沿海的倭寇变得更多了。朝廷在谭纶的竭力推荐下提升戚继光为总兵,镇守福建全省兼浙江的部分地区。
1563年11月21日,倭寇两万多人,开始围攻福建仙游县城。戚继光当时手下兵力不多,他一面从各地调遣兵力,一面不时派小队伍袭击围城的敌人,以削弱敌人攻城的势头,又派人在夜里穿过敌垒之间的空隙,把守城所急需的火药缒送入城。
倭寇求胜心切,趁着大雾弥漫的天气,用吕公车猛攻仙游城。吕公车是一种攻城工具,比城墙还高,前左右三面围上好几层竹木,再用湿棉毡裹住,不怕飞箭火铳,靠近城墙时,可用跳板登城头。就在吕公车逼近城墙,情况十分危急之际,戚家军突然出现在阵地上。原来,戚继光经过充分的准备,在这天发动了对敌歼灭战。戚家军利用大雾掩护,直奔城下,杀得倭寇分不清东南西北,全部摧毁了县城四面的敌人营寨,歼敌两千名左右。此后,又经过同安县王仓坪、漳浦县蔡丕岭等地的歼灭战,福建的倭患就基本上肃清了。跟倭寇勾结多年的广东“山贼”吴平,被迫向当时的广东总兵官俞大猷投降。后吴平贼心不死,又纠集万余人,劫掠广东沿海地区。1565年(嘉靖四十四年) 2月问,俞大猷会同戚继光,水陆并进,消灭了吴平的匪部。
这时,经过多年的英勇战斗,为患中国东南沿海多年的倭患终于基本上平息下去了。在这场艰巨的斗争中,戚继光和他率领的戚家军,在中华民族反抗外来侵略的历史上写下了光辉的一页。