毕秀姑的翻供，引起极大的震动。这不仅对查清案情有利，而且是对官官相护的官场黑幕的一次大揭露。!*&'年+月+日的《申报》不失时机地报道了这一新闻，引起了举国上下极大的关注，北京的清廷刑部也看到了这份报纸。可是顸的官场真是麻木不仁，无可救药。浙江巡抚杨昌与最后钦派审理此案的学政胡瑞澜仍然坚持维持原判。上海《申报》专为此事发表一文，“警告”胡钦差（即胡瑞澜）勿徇私情，应该把此案真相全部揭露。胡瑞澜因为自己的岳丈与此案颇有牵连，所以全力加以掩盖，一保到底，对《申报》的警告，清廷的关注，一概置之不理。
浙江地方官的官官相护，徇情枉法，不仅激怒了举国上下的正直人士，也激怒了刑部的官员。在地方父老与舆论的支持之下，杨淑英与杨乃武之妻杨詹氏千里迢迢，再度“京控”。刑部官员接见了她们，并根据此案的真情写出奏章请旨定夺。当时的光绪帝年幼，清廷由两宫皇太后（东太后为慈安皇太后、西太后为慈禧皇太后）垂帘听政她们决定下诏给杨昌，要他把全部人犯、证人统统解来北京，由刑部重新审理。由于官场办事拖拉，诏旨虽下，到一年后全部人犯、证人才解到北京，由刑部郎中刚毅进行预审。
当时有个传闻，说是刑部官员为了摸清此案真情，故意安排毕秀姑与杨乃武于深夜里在刑部大牢中见面。两人相见，恍如隔世。他们互相爱慕已久，如果不是刘子和从中胡搅一番，他们原有走到一起的可能。后来遭此横祸，双双被捕，受尽酷刑。乃武十分坚定，不管几拷几问绝不诬服；秀姑虽然在刘县令的引诱之下，一度顺从，供出了乃武是“奸夫”，但是不久就深深自责，在大堂上翻供，还乃武一个清白。两人之间虽然相爱已深，却从来没有非礼的行为。这时候他们生死未卜，如果仍判死刑，则毕命只在朝夕之间。此生虽然不能相聚，却能做到同年同月同日死，相爱相聚，只待来生。这次相会，他们早已把生死置之度外，尽量倾诉衷情。刑部官员在窃听时能够尽知本案真相，毕、杨两人也得到一次难得的机会，纠正自己的供词，以后在刑部大堂上的供词，当然完全一致，给庭审带来很大的方便。要问这次“狱中相会”一事是真是假，笔者只能回答：有此可能。作为审案时的一种策略，办案人员可以作此决定。
刑部在庭审之前已经作好了充分准备，理清了事情的来龙去脉，惟一要做的事，就是对葛品莲开棺验尸，看他究竟是病死的还是被毒死的。验尸的结果，葛品莲是病死的，并不是被砒霜毒死的。一切“谋害亲夫”、“买砒霜下毒”的说法，一扫而空。刘锡彤炮制冤案与官官相护的内幕，一起暴露于光天化日之下，人心大快。刑部尚书桑春荣承旨（得到清廷的批准）判决，主要内容如下：毕秀姑、杨乃武两人无罪释放。浙江巡抚杨昌、学政胡瑞澜溺职褫革；主犯刘锡彤发配黑龙江充军；主犯刘子和已死免议；浙江的布政使、按察使、知府、知县，以及县吏、衙役等人因行贿受贿、徇情卖法被判罪者多达一百余人。在公文层层下达之时，有人为惧牢狱之苦，先已畏罪自杀。药店老板钱宝生碍于情面，帮刘县令作了一回伪证（证明杨乃武在他店里买过砒霜），这时知道罪责难逃，害怕刑讯与入狱，上吊身亡。