让谁来当“奸夫”呢？能当“奸夫”的，只有刘子和与杨乃武两人，对那些全无交往的人，当然攀扯不上。了解内情的人，知道这是刘子和造的孽；不大了解内情的人受到“羊吃白菜”之类流言的影响，对杨乃武也有怀疑。正好这时在调查中又发现了一件事，是杨乃武略懂中医，葛品莲病重时，曾经吃过杨乃武代他买的一副药。有此一事，就可以诬陷杨乃武下药毒死葛品莲。而且，杨乃武为人正直敢言，好打抱不平，曾经对包括刘锡彤在内的余杭县一些官员贪污劣迹提过意见，得罪了不少人。这时如能把他扳倒，正好公报私仇，一举两得。
于是由刘锡彤一手炮制的“谋杀亲夫”的大冤案正式出炉。刘锡彤对毕秀姑日夜连轴审问，用尽酷刑，在她已被折磨得神志不清的时候再加以诱导，告诉她只要招出了杨乃武，就可以保她不死，逼她画供。同时又指使药店老板钱宝生写一份检举材料，说是杨乃武曾经于某月某日在药店买过砒霜，以坐实杨乃武帮助秀姑谋杀亲夫的罪名。在如此精心布置之后，刘锡彤才逮捕杨乃武，革掉他的举人头衔；日夜严刑拷打，逼他认罪。但是杨乃武严词驳斥，不仅不认罪，还指出这是刘锡彤对他的有意陷害。虽然杨乃武拒不认罪，刘锡彤还是根据许多伪证，对毕秀姑、杨乃武判了死刑，上报杭州府。他认为，只要死刑批准，杀了毕、杨两人，他自己的前程可保，他儿子刘子和的罪行可以掩盖，案子一结，全无后患，至于天理、国法、良心，那就管不了了。
此案从余杭县上报到杭州府，知府陈鲁受了刘锡彤的重贿，在提审时虽然看出了其中的某些破绽，但是“得人钱财，为人消灾”，睁一只眼闭一只眼地走个过场，仍然维持原判。这种官官相护、暗无天日的恶劣官风激怒了不少地方上的正直人士。大家一致支持杨乃武之姐杨淑英到北京去“京控”，要求重审。不久，北京下令给浙江巡抚杨昌，要他重审此案。他就调来绍兴知府龚嘉竣湖州知府锡光会同重审。这次会审，有了重大收获。毕秀姑在堂上开始翻供。经过多次审问，她自知案情重大，如不查出真相，死罪难逃。她最感到痛心的，是自己受刘锡彤的威胁与引诱，诬陷了平生最敬爱的人杨乃武。为了保全杨乃武，她终于舍死忘生，在大堂上揭破了刘县令的阴谋诡计。她说：以前所招的口供，是刘大老爷叫妇人一口咬定杨乃武，便可免我死罪。现在妇人自知无生理，何苦害人以结来世冤仇，是以翻供。