听到五王的命运后,早就作好准备的朱棣为避免朱允炆猜忌,于是装疯卖傻,假装患有疯玻他整天披散着头发,在大街上发疯狂跑,大喊大叫。有时在街头上夺取别人的食物,狼吞虎咽,有时又昏沉沉地躺在街边的沟渠之中,数日不起。谢贵等人听说后,便借问候之名前来探查。当时正好是盛夏,烈日炎炎,酷热难耐,只见燕王府内摆着一座火炉,烈火熊熊,朱棣坐在旁边,身穿羊羔皮袄,还冻得瑟瑟发抖,他还在大声呼叫着喊冷。两人与他交谈时,朱棣更是满口胡言,让人不知所以然。张、谢二人见状,相互对视了一下,就告辞了。但谁知燕王府官吏葛诚告密说:“燕王是装病,你们千万别受他蒙骗。”两人闻后,正在犹豫间,朱允炆密令张、谢二人和原为朱棣亲信的北平都指挥张信设法逮捕朱棣。
这时的张信犹豫不决,回到家中把事情告诉母亲,母亲说:“这件事不能这样办,我听说燕王应当据有天下,王者不死,难道是你一人所能逮捕的吗?”张信权衡利害,决定还是告诉朱棣。他换上便服,乘着妇人车,偷偷进入燕王府,将皇帝下旨逮捕朱棣的消息,一一密报于燕王朱棣。
朱棣当即计杀谢贵等人,并于公元1399年秋,以“清君侧”为借口,以“靖难”为名,起兵南征。历史上着名的“靖难之役”爆发。朱棣起兵后,便将耿炳文率领前来讨伐的30万大军击溃。
朱允炆只得命李景隆率50万大军出征。朱棣听说后,喜不自禁地说:“从前汉高祖用兵如神,还只能率兵十万。
李景隆这个小子,腹中空空而又盲目自大,给他50万人马,真是自取灭亡。”
朱棣便设计把固守北平的重任交给儿子朱高炽,自己领兵直趋永平大宁,临走时又故意撤去了卢沟桥上的守兵,以引诱李景隆深入。李景隆不知是计,听说朱棣已率师援救永平,果然匆匆忙忙直奔北平而来。大军过卢沟桥时,李景隆见没有一个士兵守卫,便喜不自胜地说:“不守此桥,我看他是无能为力了。”遂命大军直逼北平城下。
朱高炽严遵父命,坚守不出,连城中的妇女也被动员出来参战。李景隆所统帅的部队,却号令不严,人马虽多 ,但都是些贪生怕死之徒。只有都督瞿能勇敢善战,他率领自己的儿子及前锋部队,直杀入张掖( yè)门。正当胜利在望的关键时刻,心胸狭窄的李景隆怕瞿能得了头功,不仅不发援兵,反而勒令缓攻。这样就给燕军以喘息的机会。朱高炽命令将士连夜向城墙泼水,天寒地冻,瞬时便结下厚厚的一层冰。等李景隆率大军赶来,早已失去了战机。
朱棣击败永平的辽东军队,又设计攻破另一重镇大宁。在收编了大批军队之后,挥师北平,与坚守在城内的长子朱高炽里应外合,大败李景隆的部队于城下。李景隆率先逃跑,连夜奔回德州。士兵见主帅已逃,也都落荒而逃。
不久李景隆又纠集60万大军北上,与朱棣在白沟河展开决战,结果又遭惨败,朱棣率军尾随追击李景隆的溃逃部队,在济南将其一举歼灭,朱允炆的精锐尽失。公元1402年,朱棣率领大军,一路势如破竹,进占镇江,并准备进攻京城。
朱棣拒绝了朱允炆的求和,率大军兵临京师城下,据守金川门的谷王和李景隆开门迎降,京师遂破。朱允炆的去向不明,历时三年之久的皇位争夺战,终于以朱棣的胜利而告终。公元1402年,朱棣即位称帝,是为明成祖。
朱棣即位后,首先就是将陆续捕获的建文王朝旧臣以残酷的刑法一一杀戮,甚至还诛灭三族。旧臣景清在朱棣即位后,刺杀朱棣未成,结果被朱棣剥皮,悬于城门上,并将景清全家诛杀,而且还株连左邻右舍,甚至连他出生的村子也都斩尽杀绝。这种空前绝后的大清洗,史书称之为“瓜蔓抄”,先后被杀的人达数万之多。
在残酷镇压部分反抗的旧臣的同时,朱棣对跟随他“靖难”夺位的功臣都给予提拔重用,并将周、齐、代、岷四王的原爵恢复,但等统治巩固后,还是将包括这四王在内的其他诸王以各种借口废除或削夺其兵权。对朱允炆的旧臣,只要能够真心归附的,朱棣也有选择地量才使用。此后,朱棣开始减轻刑法,停止滥杀,以尽快改变滥杀故臣所造成的恐怖紧张局面。