在威逼利诱之下，郭廷亮写下了“自白书”。接着办案人员拿着这份“自白书”去威胁其他涉案人员，几经反复，终于有了几十份令他们满意的“自白书”。自此郭廷亮“匪谍”案和南部“兵谏”案便告坐实，扳倒孙立人已是箭在弦上。
8月3日，“总统府”局长黄伯度带着上述“自白书”来到已被宪兵包围的孙立人官邸，要其引咎辞职。孙立人知道其中必定有诈，断然拒绝。黄伯度又透过其部下陆军副总司令贾幼慧，以及孙立人的侄子孙克刚等，转达“上面”坚决整顿孙立人旧属的立场，要孙立人顾全300多名部下的性命。
自知回天乏术，孙立人无奈写下一份简短辞呈。然而这份辞呈并不能令上面满意，反复几次，才写出了一份“符合要求”的辞呈。
8月20日，“总统府”发布“彻查令”，10月23日，歪曲事实的报告出炉，结论是：孙立人的部下郭廷亮“为中共工作”，利用孙立人的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙立人未及时“举报”，亦未“采取适当防范之措施”，“应负责任”。
郭廷亮被判处无期徒刑，先在绿岛监狱服刑，假释后，却发生了在火车上跳车身亡的离奇“意外”。
三、对被免职的孙立人，蒋氏父子采取“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关”，但也“不放”的“七不”政策。孙立人开始了漫长的软禁生涯
对于被免职的孙立人，蒋氏父子采取“不杀、不审、不问、不判、不抓、不关”，但也“不放”的“七不”政策。1956年6月，孙立人被逐出台北市南昌路官邸，迁往台中市向上路一段18号居所，开始了漫长的软禁生涯。
孙立人的居所原为军方宿舍，四周筑有围墙，戒备森严，门前向上路两头堵死，由“国防部”派来的6名“保卫人员”日夜监视，外人不得入内，孙立人和家人也不能随便外出。孙立人的任何活动，包括打电话，都须通过“保卫人员”向上请示，得到允许后方可进行。孙立人外出，由“国防部”派车，另外，加派一辆吉普车跟随。
孙立人家围墙外，有军事情报局加盖的一栋三层楼的指挥中心，居高临下，随时监视孙立人的一举一动。凡是“上头”认为“不方便”的事，孙立人均不得擅自去做。外出也必须“保卫人员”“陪同”前往。当时，蒋介石对孙立人看管极严，连孙立人的厨子身上都藏着JJ，只要有人想救孙立人，立马一起干掉。
幽居的日子里，家人成了孙立人最大的安慰。孙立人与夫人张梅英前后生育四个孩子，他以“中国安定，天下太平”为儿女命名。儿女多了，开销也变大。孙立人为宫清廉，并无积蓄，幽禁之后又不给薪水，生活十分拮据。
早在他担任陆军总司令时，家里就十分清贫，菜金要限制，若来人添菜，只有咸蛋、炒蛋或皮蛋，家人背后称为“三蛋轰炸”。张梅英回忆说：“后来四个孩子长大了，进学校读书，每天要带便当，没钱买米，四个孩子只能分三个鸡蛋吃。”
孙立人也尝试在家养鸡、养鸟、养猪，开辟果园，后来改种玫瑰，他虚心向花农请教，悉心栽培，玫瑰广受欢迎，被称为“将军玫瑰”。家中有时缺少菜钱，他便到后院剪些玫瑰花，由张梅英骑自行车送到菜市场，交换一些青菜豆腐。粗茶淡饭，一家倒也其乐融融。
然而围墙之外，却是戒备森严。孙立人的小孩直到读小学之后，才有机会跟外界小朋友接触。即便如此，由于家庭的特殊身份，老师和同学都会以异样的眼神看他们。为了不给孩子心理上造成影响，孙立人很少在孩子面前讲述他的往事。