6月底，朝鲜战争爆发，美第7舰队协防台湾。这对岌岌可危的蒋介石来说，无疑是打了一剂强心针，台湾安全可保，孙立人的作用大加削弱。
1951年3月27日，蒋介石正式派遣蒋经国进驻陆军总司令部，组建陆军总司令部政治部，这等同于给孙立人派了一个监军。孙立人处处为蒋经国掣肘，成了有名无实的陆军总司令。
孙立人长期接受美式教育，而且个性孤高自傲，一贯不耻官场的相互倾轧、阿谀逢迎，对于蒋经国的政工系统就更为厌恶。而且作为一个职业军人，孙立人并没有太多的政治权谋，不善协调各方关系，胸无城府，这也使他与蒋经国及黄埔系将领关系日渐紧张。江南（刘宜良）在《蒋经国传》中提到：“孙是个非常优秀的带兵官，但是位很坏的领袖。讲人际关系，他和他的同僚几乎没有人可以合得来。任陆军总司令期间，每周军事汇报，从来未准时出席，其理由非常可笑：他不愿向周至柔总长敬礼，迟到即可避免，因为总统已经在场。”甚至连蒋经国向他拜年，他都不见。
二、在蒋介石的授意下，毛人凤将孙立人的旧部郭廷亮以“匪谍”为名逮捕，由此拉开又一拨整肃高潮，后台湾南部又爆发了所谓“兵谏案”
至1954年，“美台共同防御条约”签署，台湾被正式纳入美国在远东的防卫圈中，台湾的安全得到极大的巩固。对于蒋介石来说，此刻的孙立人不但没有任何用处，相反还是威胁，尽管孙立人已经没有什么实权了。
这一年6月，孙立人被调任“总统府”参军长，明升实贬，彻底被解除了兵权。然而这还并不意味着结束，一场更大的阴谋正在酝酿当中。
1955年5月25日，在蒋介石的授意下，毛人凤将孙立人的旧部、步兵学校少校教官郭廷亮以“匪谍”为名逮捕，由此拉开又一拨整肃高潮。一周之后，台湾南部又爆发了所谓“兵谏案”。不到一个月的时间内，被拘捕的孙立人的旧部达到300多人，意在通过这些下属来寻找打击孙立人的突破口。
郭廷亮被捕4天后，蒋介石还故作无事地召见孙立人，据孙立人回忆：
“1955年5月28日上午10时正，‘总统’召见我，第一句话问我近来看什么书？我回答：‘看《南宋史》。’他说：‘那很好，很好。，他接着说：‘你没有什么，你以后少跟政客们来往。’我回答他说：‘是的，我一生最讨厌玩政治和与政客打交道。’他随即说：‘这次我要把你给孤立起来。’同时他面色变得很难看（气愤），随即又回转微笑（不自然的）说：‘你对于、训练部队很好，不过打仗不行。’
“我当时听了他这话，几乎迷惑了。真是使我啼笑皆非，不知从何说起。我当时直言以对：‘不然，将不知兵，何以为战？盖兵战实为一体两面，而不可分离。窃职总发从军追随钧座卅余年，转战国内外大小几百余战，从未辱钧命，而攻无不克，战无不胜，守无寸土之失。殊不知钧座所言‘打仗不行’何所指也？若言争权夺利，欺世盗名，则我不屑也。’言毕敬礼而退。未想到这竟是最后一次的见面。”
面对山雨欲来，谣言满天，许多人劝孙立人尽速出走，但耿直的孙立人自认问心无愧，不为所动。而此时已被逮捕的郭廷亮，被押往高雄凤山审讯，政工干部要他承认有谋叛意图，逼他交出孙立人的所谓兵变计划。郭廷亮自然严词拒绝了这些子虚乌有的问题，于是遭受严刑拷打。他不为所动，坚持不承认有谋叛企图。
眼看一招不成，保密局特勤室主任毛惕园又策划出一计。先是将郭廷亮的妻儿也关入监牢，然后他与毛人凤共同导演，劝郭廷亮写自白书承认自己是“共产党的间谍”，以此来换取早日释放，并且谎称保证出狱有工作，不会牵连孙立人。