一、美暗示想扶孙换蒋，孙立人不为所动，请陈诚代为向蒋介石汇报。孙立人的光明磊落并没有换来蒋介石的信任，反而更加剧了蒋介石的不安
2010年11月21日，经过多年努力争取，一代抗日名将孙立人在台中的故居终于改建为孙立人将军纪念馆，来自海内外逾200名孙立人1日部、亲属和台中市市长胡志强共同出席开幕仪式。此刻距离孙立人将军逝世，已经过去整整20年。
与熙熙攘攘的开幕仪式形成鲜明对比的，是孙立人将军生前的门庭冷落。这栋高大的日式建筑，自1955年“孙立人案”爆发，陪伴这位曾经叱咤风云的将军度过了33年的软禁生涯。直到逝世前两年，他才伴随台湾“解严”而重获自由。
自缅甸抗战以来，孙立人战功赫赫，广受瞩目，然而对于蒋介石来说，孙立人虽是良将，但并非“黄埔系”，甚至连国民党员都不是，因而始终都不为蒋介石完全信任，从未被委以重任。
更为重要的因素是孙立人与美国的良好关系，孙立人早年留美，后又在缅甸与美军共同对日作战，被美方任命为前敌总指挥，甚至被授权指挥美军工兵和支援之美国空军。二战胜利后艾森豪威尔邀请孙立人参观欧洲战场，蒋介石竟然质问孙立人：“啊！艾森豪威尔邀请你，为什么不邀请我？”由此可见蒋介石对孙立人的不满和猜疑。
而蒋介石在内战中的不佳表现，也令美国更加属意能力突出、有美国教育背景的孙立人，欲以孙立人取代蒋介石。根据美国解密档案，1949年初，美国国家安全会议经多次讨论，确定了“弃蒋保台”的对华政策，而孙立人，无疑是美方重点考虑的人物。
1949年2月l2日，美国远东最高统帅麦克阿瑟将军派其少将副官专程赴台，邀请正在台湾负责练军的孙立人飞往东京，共商防卫台湾大计。麦克阿瑟暗示孙立人说：“我们不能让台湾这艘‘不沉的航空母舰’落到共产党的手里，所以有意请阁下负责巩固台湾，而由我们美国全力支持。”
但孙立人不为所动，再三表示：“我忠于蒋介石，不能临难背弃。台湾军队悉由蒋介石指挥。陈诚（时任东南行政公署长官，坐镇台北）也是听命于蒋介石的。”而且他还表示：“我只会打仗，不会搞政治，不会领导反共。”要美国继续支持蒋介石。
回到台湾之后，孙立人将此行如实向陈诚汇报，并请转达蒋介石。
然而，孙立人的光明磊落并没有换来蒋介石的信任，反而更加剧了蒋介石的不安。只是碍于台海危机情势，加上美国人的情面，蒋介石不得不重用孙立人以防卫台湾，并利用他与美国的良好关系争取美援。
蒋介石在自己的日记里记载，他并非不愿意用孙立人，但是“吴（国桢）、孙（立人）屡屡挟外（美国）自重”，从1949年5、6月间美驻台领事艾嘉致国务卿的7封电报可知，孙立人对美国外交官一直埋怨陈诚故意雪藏他，以至于他有职无权，他希望军民分治，又说台湾形势发展到人心思变的地步，还抨击陈诚等人落后时代50年等。身为军方要员，向外国官员谩骂本国政府，自然是越轨之举。
1950年3月17日，蒋介石擢升孙立人为陆军总司令兼陆军训练司令，三天后又加台湾防卫总司令，并许诺未来晋升其为三军总参谋长。一时间，孙立人成了蒋介石身边炙手可热的人物。但就在孙立人就任陆军总司令的同时，掌控台湾情治机关的蒋经国已经在蒋介石的授意下，将特务网络渗透至陆军总司令部。
3月23日，就在孙立人被任命为陆军总司令不到一周的时间，他的英文秘书黄正，以及黄正的姐姐陆军训练总部干部黄珏，便被蒋经国以莫须有的“泄露军机”罪名逮捕，判刑10年。接着，孙立人的1日部属李鸿、陈鸣人、彭克立等人也以“匪谍”罪被拘捕。