陈筱田管理也很严格，为制止学生出轨，斋务处制定了奖惩规定，奖励有物质和名誉奖；惩罚按情节分训诫、思过、记过、开除等。
思过房间内地势低洼，冬天冷夏天潮，室内空无所有，旁边还有斋务处人员监督。学生一入思过室，就有入监狱之感。学生均惧畏之。但这种严格的管理使孙立人获益匪浅。这对他养成军人素质极为有利。
在清华期间，孙立人的一大收获是锻炼了强健的体魄，为从军打下基础。
刚入校时，孙立人身体不太好，也无运动基础。马约翰先生到校后，大力提倡体育运动，体育活动才认真开展起来，学校规定每天下午4-5点为强迫运动时间，一到时间，学校就将图书馆、教室、宿舍等锁起来，学生都要到操场参加运动。学校还规定体育不及格不能留学。
马约翰先生常向学生说：“你们要好好锻炼身体，要勇敢，不要怕，要有劲，要去干，外国人打棒球、踢足球，你们也去打、去踢。不要出去给中国人丢脸，不要人家一推你，你就倒；别人一发狠，你就怕；别人一瞪眼，你就哆嗦。”
在马约翰先生的鼓励下，孙立人对运动有了浓厚的兴趣，1916年二年级时成为班上足球、篮球队员，1917年三年级时入选中等科足球队，1918年四年级时被选为中等科五项球队队长，外号站人。1920年入选校篮球队队长，并获华北各大学冠军；1921年又入选中华篮球代表队，于5月30日至6月4日在上海虹口公园参加第三届远东运动会，与队友团结苦战，先后战胜日本队、菲律宾队，夺得远东运动会篮球冠军。他以流泪、流汗的代价，为中国人争了光。
1919年，孙立人经历了一次爱国运动。中国在巴黎和会上外交失败，美、英、法、日、意在《凡尔赛和约》中把原德国在山东所强占的一切特权全部让给日本。此奇耻大辱激怒了中国人民。
5月4日，北京城内学生举行了游行示威，这一消息迅即传遍沉静闭塞的清华园。孙立人的同学闻一多连夜抄写岳飞《满江红》词，贴在饭厅门口，表示收复失地的决心。
5日早晨，高等科和中等科的科长（级长）立即召开全校社团联席会议，决定成立清华学生代表团并召开全校同学大会。孙立人想起儿时在青岛所受的耻辱，积极投身运动。
9日，孙立人与清华全体同学在体育馆前举行“国耻纪念会”，全体同学当场庄严宣誓：“口血未干，丹诚难泯，言犹在耳，忠岂忘心。中华民国八年五月九日，清华学校学生，从今以后，愿牺牲生命以保护中华民国人民、土地、主张，此誓。”
6月3日至5日，孙立人与同学一道进城宣传，参加天安门游行，高呼“收复失地、废除二十一条”等口号。
“五四”的洗礼，使孙立人更成熟。他在实践中表现了民族主义精神。
三、孙立人考取公费留美，先入普渡大学，获工学学士学位，后被保送入弗吉尼亚军事学院，完成了从白面书生到军人的转变
经过九年苦读，1923年6月，孙立人从清华毕业，并考取公费留美。他非常高兴，当即准备改学军事。但孙父认为他适于学医，而不宜学军事，况且孙立人原在清华学的是工科，赴美深造应以追求本科成就为上，不宜中途而废。
孙立人尊重老人愿望，乃决定先学工科，以后寻机学军事。
6月17日，清华癸亥级举行毕业典礼，同级的同学有着名的散文家、翻译家梁实秋，冰心之夫、着名社会学家和民主学家吴文藻，社会学家吴景超，着名细胞遗传学家、作物育种学家李先闻，和着名人士吴国桢、时昭涵、浦薛风、赵敏恒、罗隆基、王适时、潘光旦、梁思成、翟桓、王国化、王化成、张忠绂、齐学启、孙国华、徐宗涑、熊式一、李迪俊、吴大钧、孙清波等九十余人集聚一堂。
之后，孙立人与梁实秋、吴文藻等同班67人沿津浦线南下，到上海。8月17日下午，登上开往美国的“约克逊号”邮船。在船上，孙立人与同学吴文藻邂逅了同去美国留学的谢冰心。