董其昌父子从后门逃走后，从此飘泊于水上。在苏州、镇江和湖州一带，靠当地官衙救济维持，过了半年多时间的船上流浪生活，直到此事平息，才惶惶然回到松江。
遭此一劫，董其昌家产荡然无存，而且声名狼藉，他却没有反省悔过之意。流浪期间，他和三个儿子到处活动拜访官员，要求处罚闹事的读书人。
董其昌认为：“杀一百个老百姓，不如杀十个秀才。因为这次骚乱是秀才唆使，而不是民众自发的！”
董其昌心里最清楚不过，董家在这次骚乱中失去的，不仅仅是家产，最重要的是名声！所以只要把这次骚乱定性为“士抄”，而不是“民抄”，就可以挽回自己的名声。
经过董其昌上下活动，万历皇帝下旨：由苏州、常州和镇江三府会审这场震惊全国的“抄董宦”案。经过几个月的“会审”，发现参与者竟达百万人以上！所谓法不责众，三府最终只好采用了一个折中的办法：事件起因为董氏父子，但归咎于“奴辈不法”，家产被毁只能自认；“喜乱奸民，趁机烧抢”，捉几个为首的严惩；参与闹事的几个秀才，或革去功名或受杖惩。
案件了结后，三府在上奏万历的奏章中，有这么几句话：“敛怨军民，已非一日，欲食肉寝皮，亦非一人，至剥裤毒淫一事，上干天怒，恶极于无可加矣。”万历看后，默然良久，将奏章放在一边，最后此事便不了了之。