碧蹄馆战后，明朝联军与日本方面实际上已经形成一种僵持的局面。日本方面在碧蹄馆的小胜掩盖不了他们在战略上的巨大劣势，而明军方面亦无力更进一步。这种形势对于日军来说非常难受，实际上在王京的各个日本大名武将向丰臣秀吉吹嘘自己的碧蹄馆大胜之际，日军的占领区不但没有怎么扩大，反而日渐萎缩。日军如果想要打破这种形势，就只能主动出击。
所谓“柿子要拣软的捏”，碧蹄馆一战后，日军不可能继续主动找战力坚强的明军大部队挑战，只能把主意打到附近的朝鲜军身上。此时恰好有一个最扎眼的目标，就是地处汉城西仅三里多的幸州。
驻扎在幸州的是朝鲜全罗道巡察使权栗，对于日本方面来说，他已经可以算是老对手了。之前在梨峙与秃城，权栗均有不俗的战绩。此时他借着之前明军一路胜利的东风，率领两千三百人从水原的秃城移军到高阳境内的幸州，准备趁着明军进攻京城之际，看看有什么油水捞。
可是权栗不知道的是，他到了幸州之后，明军却已经在碧蹄馆被逼退。而权栗此时驻扎的幸州离汉城极近，正好在碧蹄馆与汉城之间的要道附近，日军一旦出兵北进，后方便立刻会受到幸州方面的威胁。这对日军来说不啻于如鲠在喉，是必须要拔掉的钉子。于是，“打秋风”变成了必须正面对抗日军主力，当然此时的权栗并不知道形势一下子会恶化成这样。
虽然在幸州，权栗手中之兵却仅有两千三百，之后僧人处英又率僧军一千赴援，总数不过就三千三百人。但对日本方面来说，权栗这个人之前的战绩不俗，因此一上来便用狮子博兔之势，几乎拿出了大部分的本钱。
幸州离汉城如此之近，权粟身为一道主将，为何敢于率如此之少的兵力突进到敌人的中心地带呢？这是因为幸州一面临汉江，三面均为丘陵，并且临江地区均为沼泽地带，仅有西北侧有一条狭窄的道路可供进攻，可谓是华山一条路，地势极为险要。当权栗入驻之后，又大造鹿角，修复城池，将幸州打造得固若金汤，并多派斥候四处侦察日军动向。结果不出权栗所料，日军二月十一日开始动员，这天权栗派出的斥候便受到了日军的大规模围剿，损失了八九名精锐斥候。此后，日军前锋千余人便在幸州城下扎下了两座营寨，开始了对幸州城的全面围困。
到了二月十二日黎明，深红的太阳从云端缓缓而出。此时权栗伫立在幸州城的高台之上，眺望五里外的平原，只见先有数百日军骑兵呼啸着冲至幸州城山下。在骑兵们背后，数万曰军背插红白旗，漫山遍野地向幸州城扑来，其威势让城内守军不禁胆战心惊。
权栗见日军军势如此浩荡，心里不禁一沉，城内守军则更是两股战战，当时就想逃。可惜幸州城背后是汉江，四面环山，前面又是日军，压根没法逃。虽然不是故意的，但是天然形成了背水一战的局面，让朝鲜守军没有选择，只能拼死一战。
敌我悬殊，朝鲜军完全不可能出城野战，只能死守城池。而日军行军至城下后，也不多作态，直接分成一拨拨地小部队，顺着那“华山一条路”进行轮攻，打头阵的则是小西行长。
小西行长自从在平壤被李如松狠狠揍了一通之后，损失巨大，兵力雄厚的第一军团最后只剩得六千余人。当小西行长率军顺着路冲杀上来之际，只听得权栗一声令下，城上箭矢齐发，滚木礌石统统往下砸。权栗在幸州中储备了大量各式火器，有大小胜字铳这样的霰弹小炮，有震天雷纸神炮这样的投掷火药炸弹，还有各类火箭，对着小西军便劈头盖脸地便打了下去，瞬间便打倒了几个冲在最前面的小西军足轻。
当然，朝鲜军的这些武器一起打出去的气势很吓人，但是威力却并不大，小西军被击中的士兵大都只伤不死。此次小西行长为了挽回面子，也算是下定了决心。虽然幸州城上发射的火器声势骇人，但是小西行长依然逼催部下硬着头皮向上进攻，迎接他们的则是又一轮地火器发射。
再次打翻了数人之后，小西军终于顶不住了。前排被击中伤兵的惨呼，让小西军士气大跌，小西行长本就不是一个打硬仗的料，见这幸州城如此难啃，也知道他这次是打错了算盘。对于曰本的大名来说，手下的兵将才是自己地位的保证，把实力拼光了那才是蠢材会做的事情。于是他顾不得丢脸，赶紧让部下撤军。
小西军刚撤下山，第二队石田三成便领军出战。这次石田三成的表现比小西行长也没好多少，照样被朝鲜军一轮炮火给轰了下去。不但如此，石田三成本人还被打伤，只能灰溜溜地撇下。
日军第三队便派上了黑田长政这个能打的上阵，希望能有所突破。黑田长政以谋略闻名，他看到幸州城这样险要的地势就知道不好打，于是也没像之前那两位那样硬攻，而是调集了几百铁炮足轻与朝鲜军对射。可是朝鲜军毕竟是居高临下，又有防御工事，一番对射下来还是黑田军方面吃亏。黑田长政干脆就把兵马撤了下来，坐看其他人表现。
这三轮打下来让日军指挥官宇喜多秀家很是生气。之前的碧蹄馆大战，他挂个名义上的总指挥，实际上在战场上进行指挥的是小早川隆景。战后向丰臣秀吉报功后，小早川隆景等人受到了丰臣秀吉的大加赞赏，这让身为总指挥的宇喜多秀家心中必然有想法。于是在黑田长政退下之后，宇喜多秀家决定亲自领军上阵，一定要将幸州城拿下，来证明自己的勇武。
在宇喜多秀家的指挥下，他的本部士卒悍不畏死，拼命向幸州城发起波浪班地攻击。当日军方面下定决心之后，朝鲜军火器杀伤力小的弱点暴露无遗，几轮发射对日军造成的伤害实在不大。而日军借着铁炮的掩护，拼死杀入了幸州城西北子城。
防守此地的乃是前来增援的僧兵，面对宇喜多军的凌厉攻势，不禁手足无措，瞬时便垮了下来。见日军打开了缺口，朝鲜军的鱼腩本色开始显露，纷纷谣传说日军已经攀登上城了，城要破了，前方作战士兵开始纷纷逃跑。
眼见要一发不可收拾之际，权栗此时充分展现了身为名将的素质，亲自拔剑斩杀了数个逃兵，并率领亲卫队与宇喜多军在缺口上进行殊死战。其余朝鲜士卒见主将奋勇当先，也纷纷鼓起勇气，跟在权栗身后向日军发箭投石，硬生生地将宇喜多军给赶下了城。宇喜多秀家亦步了石田三成的后尘，连中两箭，好在他身上的具足质量过硬，没受重伤，被护着撤了下去。
宇喜多军虽然未能成功，但是成功杀入城内也让日军的士气振奋了不少，第五队则换了吉川广家上阵。身为毛利元就的孙子，吉川广家也算是智勇兼备，一面引军猛攻，一面使人收集了大量柴草，顺着风势放火焚城。可是吉川广家没想到，幸州城身后就是汉江，别的不多，这水是源源不绝的。还没等吉川军把火燃起来，就被当头一桶桶地冷水给浇灭，让吉川军极为狼狈。
战至此时，双方已经打红了眼，日军甚至将大批原朝鲜军拉来进攻。这些朝鲜伪军面对侵略者毫无抵抗，但面对本国族人却显得尤为凶狠，发出的片箭刁钻狠毒，给幸州守军不小的杀伤。此时形势危急万分，权栗孤军作战，附近朝鲜众将如健义副将曹大坤、秋义将禹性传都不敢来救援。曰军则出动了最后的王牌——小早川隆景。
小早川隆景在碧蹄馆一役中可谓大出风头，作为日军实际上的第一线总指挥官击退了明军。虽然说此战水分很大，但对日军来说已经是一个非常了不起的“胜利”。因此，宇喜多秀家虽然不想让小早川隆景再出风头，但也不得不派上这个老将，看看他能有什么办法。
小早川隆景一出手，果然就取得了进展，居然打到了第二层防线。在这里，朝鲜军与日军疯狂搏杀，最后连箭矢都全部射完。幸亏忠清兵使丁杰率漕船四十余艘前来声援，船上运了大量箭矢，才拯救了幸州城的危机。
即便如此，幸州城的妇女们依然用她们的围裙作为运载工具，包裹着数块大石送给守军。这些大石在幸州城这样特殊的地形上给予日军极大的伤害，而幸州妇女的围裙在如此恶劣的条件下依然不会破，从此变成了幸州当地的特产。“幸州裙”此后甚至变成了一个着名的商标，在朝鲜当地拥有不低的知名度。战至最后，权栗一直坚守在第一线，数次击退杀入防线的日军，最终守住了幸州城。
此战获胜极为难得，因此幸州大捷也与李舜臣的闲山岛大捷、金时敏的第一次晋州大捷并称为“朝鲜三大捷”，对朝鲜方面的抗战起到了鼓舞人心的巨大作用。
幸州大捷的确是一次战术上的巨大胜利，但是究其实质，其影响力也仅仅是在战术上。幸州之战后，权栗因为损失巨大，后来探听到开城日军还会继续前来攻打，无力继续防守，只能放弃幸州，撤退至临津江南岸，与都元帅金命元汇合。放弃了幸州城之后，实际上日军与明朝联军又恢复成碧蹄馆之战前的对峙局面，双方均无力亦没有意愿再继续正面打下去了。
四月下旬，日军撤退至蔚山、东莱等沿海地域，回到了一年前的登陆地点，全军八万余人渡海回国，仅留四万人防守。至此，抗倭援朝战争第一阶段结束，曰军惨败而归。
曰军退却了，但李如松并没有痛打落水狗，不是不想，而是不能。事实上，此时明军的处境也好不了多少，由于朝军几乎是一盘散沙，许多地方都要依靠明军防守，李如松能够调动的，仅有一万余人，靠这点本钱，想把日军赶下海去，几乎是不可能的。
但最严重的问题还不是缺人，而是缺钱。明军虽然是帮朝鲜打仗，但从粮食到军饷，都是自给自足。李如松在朝鲜呆了半年，已经花掉了上百万两白银，再这样打个几年，估计裤子都得当出去。
所以谈判，是唯一的选择。
第二次谈判就此开始。
客观地讲，明朝在谈判上，一向都没什么诚意。相对而言，日本方面还是比较实诚的，他们曾满怀期望的期盼着明朝的使者，等到的却是火枪大炮。说到底，这是个认识问题，因为当时的明朝，管日本叫倭国，管日本人叫倭奴，而且这并非有意歧视，事实上，以上称呼是一路叫过来的，且从无愧疚、不当之类的情感。
一句话，打心眼里，就从没瞧得上日本人。
第一次谈判，是因为准备不足，未能出兵，等到能够出兵，自然就不谈了。现在，是第二次谈判。而谈判的最理想人选，是沈惟敬。半年前，这位仁兄满怀激情地来到李如松的大营，结果差点被砍了头，关起来吃了半年的牢饭，到今天，终于又有他的用武之地了。
万历二十一年(1593)三月，沈惟敬前往日军大营，开始了第二次谈判，在那里等待着他的，是他的老朋友小西行长。
会谈进行得十分顺利，双方互致问候完毕，经过讨价还价，达成了如下意见：首先，明朝派遣使者，前往日本会见丰臣秀吉。其次，明军撤出朝鲜，日军撤出王京（当时尚未撤出）。最后，日本交还朝鲜被俘王子官员。
沈惟敬带着谈判意见回来了，出乎他意料的是，这一次，李如松和宋应昌都毫不犹豫地表示同意。沈惟敬感到了前所未有的喜悦，他认为，一切都将在自己安排下有条不紊地进行下去，建功立业的时候到了。但他并不知道，所谓谈判和执行，那完全是两码事。
在第一次谈判时，明军只是为了争取时间，这一次似乎也没这个打算。
但协议毕竟还是签了，接下来，李如松用行动证明了这样一点：他除了会打仗，搞政治也是把好手。根据协议，明军要撤出朝鲜，但李如松纹丝不动，反而烧掉了日军的粮仓，端掉了对方的饭碗。
日军是真没办法了，打不过又闹不起，明知李如松是个不守信用的家伙，偏偏还不敢得罪他，就当吃了个哑巴亏，硬着头皮派出使者，李如松随即派出谢用梓与徐一贯两人，随同沈惟敬一起，前往日军大营。
小西行长十分高兴，但他不知道的是，明朝派来的这两位所谓使者，谢用梓是参将，徐一贯是游击，换句话说，这两人都是武将，李如松根本就没打算真的谈判。
李如松没当真，但日本人当真了，万历二十一年(1593)五月中旬，小西行长带领沈惟敬、谢用梓以及徐一贯前往日本，会见丰臣秀吉，进行和谈。
对于明朝使臣的来临，丰臣秀吉非常高兴，不但热情接待，管吃管住，会谈时更是率领各地诸侯权贵到场，亲自参加，张灯结彩，仪式十分隆重。
沈惟敬就此开始了谈判。于是每次开会之时，都是这么一副场景：丰臣秀吉满怀激情，口若悬河，谢用梓、徐一贯呆若木鸡、一言不发，沈惟敬随口附和，心不在焉。就这么个会，竟然还开了一个多月，直到六月底，才告结束。
在谈判终结的那一天，丰臣秀吉终于提出了日方的和平条件，具体内容如下：一、明朝将公主嫁为日本后妃；二、明朝和日本进行贸易，自由通商；三、明朝和日本交换誓词，永远通好；四、割让朝鲜四道，让给日本；五、朝鲜派出王子大臣各一人，作为人质，由日方管理；六、返还朝鲜被俘的两位王子；七、朝鲜宣誓永不背叛日本。
这样的条款，是任何一个大明使臣都无法接受的。沈惟敬接受了。他当场拍板，表示认可这些条款，并将回禀明朝。
丰臣秀吉十分高兴。其实丰臣秀吉并不知道，他失去了一个过把瘾的机会——即使他提出吞并中国，这位大明使者也会答应的。
丰臣秀吉随即安排了善后事宜，遣送朝鲜王子回国，并指派小西行长跟进此事。
和谈结束了，沈惟敬回国了，他在日本说了很多话，干了很多事，但在中国却无人知晓，连李如松、宋应昌也只知道，这人去了趟日本，见了丰臣秀吉，仅此而已。
到这个时候，沈惟敬应该说实话了，但兵部尚书石星代表朝廷找他谈话时，他竟对日方提出“和平条件”只字不提，只顾吹牛。
石星按照沈惟敬的说法，上奏了皇帝。明神宗觉得事情不会这么简单，但石星一口咬定，加上打仗实在费钱，半信半疑之下，他同意与日方议和。
于是，中日双方终于停战。
万历二十一年(1593)七月，在日军大部撤出朝鲜后，明军也作出部署，仅留刘埏、骆尚志等人，率军一万五千余人帮助镇守军事要地，其余部队撤回国内。