林彪见新1军的一个师前来，只得退回江北，农安之围遂告解除，但杜聿明对于唐守治的姗姗来迟，不顾念长官和部队的安危，大为震怒。
杜聿明回到长春后，立刻召开军事会议，在会议上大声指责唐守治，并要将其撤职。孙立人却认为唐守治处置得当，为了维护自己的部下，当场就和杜聿明争吵。随后，杜聿明立刻派参谋长赵家骧赶往南京，向蒋介石报告孙立人不听命令。
据说老蒋在处理这个问题的时候，颇费了一番心思，因为孙立人在东北从无败绩，将其降职、撤职皆不可能，但是杜聿明毕竟是天子一期门生，资历在那里摆着。蒋介石又考虑到孙立人不是黄埔出身，同时又无任何显赫的派系背景，恐孙立人和东北的其他将领合作不好，于是发表文告，先将唐守治撤职，再将孙立人升为东北保安部副司令（司令是杜聿明），调离新1军，明是升迁，实际上是有职无权的虚职。同一天，美国的一份报纸，以《中国在做什么？》为题，对孙立人被调离新1军的事件做了大幅报道。
1947年4月26日，孙立人将新1军军长的职务正式卸下，交由50师师长潘裕昆接任。孙立人临走之时，许多新1军的老部下态度都变得极为消极，请求脱离军队，后经孙立人劝说，才勉强留了下来。随后，孙立人便回南京述职，后又赴沈阳任职。
紧接着，同年7月，蒋介石将孙立人调离东北，担任陆军副总司令兼任陆军训练司令，并在南京成立陆军训练司令部。11月，孙立人将司令部迁往台湾凤山，漂洋过海，在海岛上开始了另外一段军事生涯。
离开了孙立人的新1军，士气一落千丈，战斗力也大为下降，根本不能与其它的主力部队同日而语。在林彪1947年5月发动的夏季攻势中，新1军被连吃2个团。随后，陈诚赴东北，将新1军拆成新1、新7两个军，致使新1军的实力再次大幅下降，在1947年10月份的秋季攻势中，又被歼灭掉1个团。
孙立人苦心经营多年并赖以起家的、号称“天下第一军”的新1军，最后随着长春围城与辽西会战，被林彪率领的东北野战军悉数歼灭，仅有少许官兵逃脱。毛泽东后来曾经感慨地说：“孙立人是中国近代最勇敢最善战的将军，只可惜他生错了地方。”
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