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伽利略回到佛罗伦萨后三个月，有两个红衣主教路过这个城市，他们和伽利略进行了一次长谈。其中一位主教叫巴伯里尼，他被伽利略的才智所折服，而另一位康扎加却竭力反对伽利略。这时的伽利略才预感到，亚里士多德的信徒们总有一天会伤害他的。

就在伽利略忙着准备有关浮体的著作，并同时开始研究太阳黑子的时候，那些嫉妒伽利略的人，开始发动了对他的攻击。有传闻说，罗马宗教法庭正在审查他的教学内容，主教们也逐渐改变了对他的看法。于是，伽利略决定亲自到罗马去迎战他的敌人。

1615年12月，伽利略再一次到达罗马。城里的气氛完全变了。几年前欢迎他的教士们，现在对他是那么冷淡。当年发请帖给他的贵族们，现在也都不来了。只有林凯学会的塞西伯爵还照样欢迎他的到来。

他劝告伽利略在这个时候最好避免谈及哥白尼学说。

第二年2月，罗马教皇的高级顾问机构———红衣主教团给伽利略下了一道命令：无论在讲课或写作中，不许他再把哥白尼学说说成是绝对事实。万般无奈下，伽利略只得接受了这个命令。

52岁的伽利略正处于精力旺盛时期，作为一个天文学家，却被迫“退休”了。他搬到了城郊的锡尼别墅去住。那里的房间比较大，适合开辟一间小天文台。他没有停止研究，期待着有一天情况能发生变化———撤销禁令。

伽利略用观察木星、卫星的方法，来研究船只在海洋上的位置。他打算要把这个理论发明卖给西班牙政府，因为西班牙有许多船只要越过海洋驶到美洲去。西班牙政府答应考虑他的提议，但是一直没有给他满意的答复。

1622年，林凯学会出版了伽利略的《检验人》，这是对那些攻击他的人进行的最强有力的答复。也就在这个时候，从前赞赏他的红衣主教巴伯里尼当上了罗马教皇。罗马教皇知道伽利略在沉默了8年之后，他的书又畅销了，很为他高兴，并表示欢迎伽利略再次访问罗马。

两年后伽利略到了罗马，教皇前后6次接见了他，这的确是一种特殊的恩典。虽然教皇依旧劝伽利略不要作出地球是绕着太阳转的结论，但也不反对把哥白尼的学说当做一种智力练习来看待。这已使伽利略感到很满意了，他的头脑里立刻有一本书形成了。

伽利略开始慢慢地写他的著作———《关于两种世界体系的对话》。

读了此书，读者可以自己得出结论：地球就是转动的。1632年，《关于两种世界体系的对话》出版了。书一印出来，马上就被抢购一空。全欧洲的有识之士都来向他祝贺，并要求订购。

8月间，突然从罗马来了一道命令，要求立即停止销售《关于两种世界体系的对话》。伽利略的敌人仔细地制定了他们的计划，要对这个自称“追求真理”的危险者，进行强制性的镇压。伽利略在教会里的朋友也对此感到十分惊慌，不敢承认哥白尼的学说，怕引起不良后果。

随即，罗马宗教法庭便传唤了伽利略。这一精神打击摧垮了这位69岁的老人，他严重的关节炎发作了，审讯期限因此延期。1633年2月，这个疲惫多病的老人终于到了罗马。

6月22日，伽利略被带到教堂去听取对他的判决：第一、《关于两种世界体系的对话》是禁书；第二、在这3年里，他必须每星期把7篇忏悔诗背诵1篇；第三、他将被无限期地监禁在他自己的家里，直到主教团满意为止。

伽利略回到了家里，但是他没有停止对真理的宣传。他又写了一本书：《两种新科学的对话》。1637年，伽利略秘密地把手稿送到国外。

1638年，这本书在荷兰的莱顿出版了。

1641年冬天，伽利略患上了热病。1642年1月8日，他停止了呼吸。为“发现真理和宣扬真理”，伽利略进行了毕生的奋斗。他的精神是永垂不朽的，人们将永远热爱他，永远歌颂他。